Can Dündar 1961 tarihinde Ankara'da dünyaya geldi. İlk ve orta öğrenimini memleketinde tamamlayan Dündar, Ankara Atatürk Lisesi'nde eğitimine devam etti.
Lise mezuniyetinin ardından da Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nde okumaya başladı. Basın Yayın Yüksek Okulu'ndan mezun oldu.Can Dündar 1979’den itibaren sırasıyla Yankı, Hürriyet, Nokta, Haftaya Bakış, Söz ve Tempo’da çalıştı. 1986’da İngiltere’de “London School of Journalism”i bitirdi. Can Dündar ODTÜ Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi bölümünde Siyaset Bilimi dalında yüksek lisansını 1988’de, aynı bölümünde doktorasını 1996 ‘da tamamladı. Henüz üniversite öğrencisiyken gazeteciliğe başladı.
Birleşik Krallık'taki London School of Journalism'de eğitim görmeye başlayan Dündar, 1986 senesinde buradaki eğitimini tamamladı.
Aynı sene ODTÜ'de Siyaset Bilimi dalında yüksek lisansını tamamladı.
1992’de “Cumhuriyet’in Kraliçeleri”ni, 1993’de “Sarı Zeybek”i hazırladı.
1989 senesinde 32. Gün programının ekibinde çalıştı. 1993-94 yıllarında Mehmet Ali Birand ile birlikte Çapraz Ateş'i hazırladı. 2002 Ocak ayında hazırladığı Nazım Hikmet belgeseli CNN Türk kanalında yayınlandı.
2002’de 3 bölümlük Fenerbahçe’nin tarihinin anlatıldığı “Bahçedeki Fener” belgeselini hazırladı.
2003 yılında “Bir Yaşam İksiri”belgeselini ve “O Gün” belgesel dizisini, 2004’te “Yüzyılın Aşkları” ve “Karaoğlan”ı hazırladı.
2003-2004 yıllarında Milliyet gazetesi için Popüler Kültür ekini çıkardı.
2005 yılında "Yetiştik Çünkü Biz! .." Mülkiye Belgeseli'ni hazırladı.
2006 Şubat'ında Adnan Menderes-Ayhan Aydan aşkını anlatan "Tatarım" belgeselini yaptı.
Kariyeri boyunca çeşitli gazetelerde farklı görevlerde bulunan Dündar, 2013 tarihinde Cumhuriyet Gazetesi'ne geçti ve burada köşe yazarlığı yapmaya başladı. 2015 tarihinde de aynı gazetenin Genel Yayın Yönetmenliği'ne getirildi.
2015 tarihinde Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Erdem Gül ile birlikte "MİT TIR'ları" soruşturması kapsamında tutuklanmaları istemiyle mahkemeye sevk edildi. Nöbetçi İstanbul 7. Sulh Ceza Hakimliği, Can Dündar ve Erdem Gül'ün tutuklanmalarına karar verdi.
2016 tarihinde İstanbul Başsavcılığı’nın hazırladığı iddianamede iki gazeteci için bir kez ağırlaştırılmış müebbet, bir kez müebbet ve 30 yıla kadar da hapis cezası istendi. İddianame İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi. İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'nin tahliyesine karar verdiği Can Dündar ile Erdem Gül, cezaevinden 2016 Şubat tarihinde 92 gün sonra çıktı.
Can Dündar, 1991 yılında Dilek Dündar ile evlendi. Ege Dündar (d.1989) adında bir oğlu var.