Hakan Fidan, 1968 senesinde Ankara'da dünyaya geldi. 1986-2001 yılları arasında Türk Silahlı Kuvvetleri'nde astsubay olarak görev yapan Fidan, kendi rızasıyla görevinden ayrılarak üniversite eğitimi için yurt dışına gitti.
University of Maryland University College'da Yönetim ve Siyaset Bilimi okudu. Üniversite mezuniyetinin ardından Bilkent Üniversitesi'nde "Dış Politikada İstihbaratın Yeri" isimli teziyle master yaptı.
2006 senesinde ise aynı üniversitede "Bilgi Çağında Diplomasi: Antlaşmaların Doğrulanmasında Enformasyon Teknolojilerinin Kullanımı" isimli tezi ile doktorasını tamamladı.
Uluslararası kurumlarda akademik çalışmalarını sürdüren Fidan, Türkiye'de ise Hacettepe ve Bilkent üniversitelerinde görev yaptı. 2007'de Başbakanlık Müsteşar Yardımcılığı görevine geldi. 2010 tarihinde Milli İstihbarat Teşkilatı Müsteşar Yardımcılığı görevine atandı.
Dönemin MİT Müsteşarı Emre Taner'in görev süresinin dolmasının ardından Milli İstihbarat Teşkilatı yeni Müsteşarı Hakan Fidan oldu. 2010 tarihinde MİT Müsteşarı olan Fidan, Türkiye Cumhuriyeti'nde en genç MİT Müsteşarı olarak tarihe geçti.
Hakan Fidan, 2015 tarihinden geçerli olmak üzere Adalet ve Kalkınma Partisi'nden milletvekili aday adayı olmak için istifa etti. Ancak 9 Mart 2015 tarihinde yazılı açıklama yaparak aday adaylığı başvurusunu geri çekti. Sonrasında 2015 tarihinde görevine geri döndü.Evli ve 3 çocuğu var.
