Merve Kavakçı,1968 yılında Ankara'da dünyaya geldi.Babası,1970'li yıllarda Atatürk Üniversitesi İlahiyat fakültesi dekanıydı. Çocukluğu Erzurum'da geçen Kavakçı, TED Ankara Koleji'ni bitirdikten sonra Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesine girdi. Buradaki 2 yıllık eğitiminden sonra baş örtüsü yasağı nedeniyle okuldan ayrılmak zorunda kaldı. Daha Sonra ABD'ye gitti ve buradaki Texas Üniversitesi'nde Bilgisayar Mühendisliği eğitimi aldı. Merve Kavakçı'nın Harvard Üniversitesi'nden kamu yönetimi yüksek lisansı ve Howard Üniversitesi'nden siyasal bilim doktorası var.
Üniversite birinci sınıftayken Ürdün asıllı ABD vatandaşı Ali Ahmad Abushanab ile evlendi. Bu evliliğinden Fatma Gülham ve Meryem Ali isminde iki kızı oldu. Eşinden 1993'de ayrıldı. Eşinden ayrıldıktan sonra Türkiye'ye döndü, siyasi hayatına başladı. 29 Ekim 1999'da İşadamı Bekir Lütfü Yıldırım ile evlendi ve bu evlilikleri 2005 yılında sona erdi. 2010 yılında doktor Cihangir İslam ile üçüncü evliliğini yaptı.
Merve Kavakçı,Mayıs 1999 yılında TBMM'de and içme törenine başörtülü gelince meclisten çıkarıldı.1999’da TBMM’de yaşanan başörtüsü krizi sırasında tanınan ve bir süre önce Kuala Lumpur Büyükelçisi olarak atanan Merve Kavakçı’nın kızı Mariam Kavakçı,Cumhurbaşkanı Danışmanı oldu.