1965 yılında Hakkari’de doğan Erdoğan,Hakkarili olup Kürt Pinyanişi aşiretine mensuptur. Hacettepe Üniversitesi’nde felsefe, Gazi Üniversitesi’nde kamu yönetimi eğitimi almıştır.Mustafa Erdoğan, üniversite yıllarında ve öncesinde halk danslarıyla yakından ilgilenmiş ve çalıştığı topluluklarla birlikte yurtiçi ve yurtdışında gerçekleştirilen festival ve yarışmalarda birçok ödül almıştır.
1985 yılında Gazi Üniversitesi Halk Dansları Topluluğu'nu kurarak, Edirne, Kırklareli, Artvin, Van, Bitlis, Hakkari, Gaziantep, Adıyaman, Diyarbakır, Muğla, Aydın yöre dansları üzerine gruplar hazırlamış ve yarışmalara katılmıştır.
1997-2000 Anadolu halk dansları adımları üzerine, derleme ve koreografik çalışmalar yapmış ve konuyla ilgili araştırmaları çeşitli yayın organlarında yer almıştır.
Aynı dönemde koreograf olarak İstanbul-Gül Düşündürü Tiyatrosu ve Beşiktaş Kültür Merkezi'nde görev almıştır.
Halk oyunlarına olan ilgisi giderek artınca 1999 yılında Türkiye'nin ilk özel ve büyük dans topluluğu olan Sultans of the Dance’ı kurmuştur. Bu grubun adı daha sonra Anadolu Ateşi'ne çevrilmiştir.Mustafa Erdoğan, Anadolu Ateşi adlı dans grubunun genel sanat yönetmenidir.Yılmaz Erdoğan'ın abisidir.
Gülben Ergen ile 5 Eylül 2004'te evlenmiş ve çift, 18 Ocak 2007 günü Atlas adında bir erkek çocuğuna sahip olmuştur. Ardından 2009 yılında da çiftin ikiz bebekleri dünyaya gelmiştir. Çift, 12 Nisan 2012 tarihinde anlaşmalı olarak boşanmıştır.
