1966 yılında Almanya'da dünyaya geldi. ilk orta ve lise tahsilini Bolu'nun Mengen ilçesinde tamamladı.İstanbul Üniversitesi’nde ekonomi alanında eğitim gördü. Yüksek Lisans’ını da burada gerçekleştirdi ve "Uluslararası Ticaret ve Türkiye'nin Dünya Ekonomisine Eklemlenmesi" başlıklı teziyle, iktisat dalında yüksek lisansını tamamladı.
Gazeteciliğe 1992 yılında Dünya gazetesinde başladı. 1994 yılında çalışmaya başladığı Milliyet gazetesindeki işine Mayıs 2011'de son verildi. Ocak 2010'dan Mart 2011'e kadar Posta gazetesinde köşe yazarlığı yaptı.
2011 tarihinde Oda TV'ye yönelik Ergenekon soruşturması kapsamında gazeteci Ahmet Şık ile birlikte gözaltına alındı. Tutuklanmasının ardından Silivri Cezaevi'ne konulan Şener, Ergenekon terör örgütüne yardım etmek gerekçesiyle yargılandı. 7 yıldan 15 yıla kadar hapis istemiyle yargılanan Nedim Şener, 12 Mart 2012'de tahliye edildi.
Nedim Şener, Posta gazetesinde köşe yazarlığına devam etmektedir.
Kitapları
Helal Tekme: Korkma, Alışma, Unutma! (2014) [1]
Baba Seni Neden Oraya Koydular? (2012) (Silivri Cezaevi Süreci)
Kırmızı Cuma (2011) (Hrant Dink suikastı)
İşte Hayatım (2010) (Uğur Dündar biyografisi)
Dink Cinayeti ve İstihbarat Yalanları (2009)
Türkiye'de Farklı Olmak (2009) (Binnaz Toprak, İrfan Bozan ve Tan Morgül ile birlikte)
Ergenekon Belgelerinde Fethullah Gülen ve Cemaat (2009)
Hayırsever Terrorist (2006) (Şeyh Yasin El Kadı dosyası)
Fırsatlar Ülkesinde Bir Kemal Abi (2005) (Kemal Unakıtan dosyası)
Kod Adı: Atilla (2004) (Susurluk olayı)
Naylon Holding (2002)
Tepeden Tırnağa Yolsuzluk (2001)
Uzanlar: Bir Korku İmparatorluğunun Çöküşü (2000)
Altın: İstanbul Altın Borsası ve Dünya'daki Örnekleri (1994
