Şafak Bakkalbaşıoğlu, 1964 yılında İstanbul'da doğdu. Çocukluğu Ankara, Gölcük, İskenderun ve Mersin'de geçti. 1985 yılında Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi Basın Yayın Yüksekokulu'ndan mezun oldu. 1983'te üniversite ikiden itibaren TRT'de çalışmaya başladı. Senaryo yazarlığı ile başlayan görevi, yapımcılık ve ardından yönetmen olarak 1992'ye kadar devam etti. TRT'de çalıştığı bu süre içerisinde "Laf-ı Güzaf" (dramatik belgesel), "Edebiyat Üçlemesi" (dramatik belgesel), "Prensesin Böylesi" (drama) ve "Ondan Sonra" (magazin) gibi birçok başarılı işe imza attı.
1992 yılında ATV'ye transfer oldu. 1997'ye kadar süren bu süreçte A Takımı, Televizyon Çocuğu, Zaga, Siyaset Meydanı gibi hafızalara kazınan birçok işe imza attı. Dünyada ilk kez Televizyon Çocuğu gece şovunda kullandığı hareketli parmak kamera ile şov dünyasını etkiledi. Televizyon şovlarında ve çok kameralı reji çalışmalarında limitleri zorladı ve çok aranan, saygı duyulan bir yönetmen olarak isim yaptı.
Şafak Bakkalbaşıoğlu 2005 yılında oyuncu Deniz Barut ile evlendi. Bu evlilikten 2 erkek çocuğu oldu. Çift anlaşmalı olarak boşandı.