Bir dönem AKP Parti Genel Merkez Gençlik Kolları Başkanlığı görevini üstlenen Zafer Çubukçu, Resmi Gazete'de yayımlanan Cumhurbaşkanlığı atama kararnamesi ile birlikte Cumhurbaşkanı Erdoğan'ın başdanışmanı oldu. Çubukcu, Fecir Alptekin ile birlikte Cumhurbaşkanı Erdoğan'ın başdanışmanlığını yapacak.
1986 Karabük doğumlu Çubukcu, ODTÜ İngilizce İşletme Bölümü'nden mezun oldu. AK Parti Gençlik Kolları Başkanlığı da yapan Çubukcu, 2014 yılında bu görevini Abdurrahim Boynukalın'a devrederek Başbakanlık Müşavirliği'ne atandı.
2016 yılında evlenen Çubukcu'nun nikah şahitliğini Cumhurbaşkanı Erdoğan yapmıştı.