1978 de İzmirde doğdu. Lise yıllarında Mert Aygün Ege bölgesi Ses yarışmasında 3. oldu. Çeşitli orkestralarda perküsyon, yan flüt , gitar, esas olarak solistlik yaptı. 1999 yılında Ege Üniversitesi Türk Musikisi Devlet Konservatuvar'ı Ses eğitimi bölümünü kazanıp mezun oldu.
Üniversite yıllarında Ege Üniversitesi sanat topluluğunun kurucuları arasında yer alıp çeşitli müzikallerde, oyunlarda rol aldı. Ardından Kurşun yarası dizide 6 bölüm oynadı. 2002- 2003 yıllarında Show Tv nin düzenlediği Türkiyenin yıldızları yarışmasına katıldı ve 7. oldu.
Yarışmadan sonra Mert Aygün İzmirde ki ilk doğaçlama tİyatro ekibini kurdu ve izmirde çekilen bir kaç dizide rol aldı. İzmirde olduğu yıllarda Aylin Odabaşı, Levent gündüzden şan dersleri aldı. 2010 yılında Askerliğini tamamladıktan sonra İstanbula yerleşti. İstanbulda oyunculuğunu geliştirmek için çeşitli tiyatro atolyelerine katıldı ve eğitimler aldı. Mert Aygün halen istanbulda oyunculuğa devam etmektedir.
Rol aldığı projeler;
Çınar Sinema Filmi 2018
Hadi Be Oğlum (Otelci İsmail) Sinema Filmi 2018
İçerde (Vural) TV Dizisi 2016
Eksilmek (Rıfat) Kısa Film 2016
"Filinta "Bin Yılın Şafağında" TV Dizisi 2015
Ertuğrul 1890 Sinema Filmi 2015
Analar ve Anneler (Kamil) TV Dizisi 2015
Sungurlar (Seyfo) TV Dizisi 2014
Sil Baştan TV Dizisi 2014
Kod Adı Reaksiyon (Zeko) TV Dizisi 2014
Kara Para Aşk TV Dizisi 1. Sezon (Erdal) 2014
Gönül İşleri (Rıza) TV Dizisi 2014
Balıkçının Karısı (Osman) TV Filmi 2014
Kaçak TV Dizisi 2. Sezon (Hasan) 2014
Hayat Dediğin TV Dizisi 2013
Osmanlı'da Derin Devlet TV Dizisi 2013
Ustura Kemal (Çakma Abdo) TV Dizisi 2012
Yalan Dünya TV Dizisi 4. Sezon 2014- 3. Sezon 2013
Kanıt TV Dizisi 2. Sezon (Bölüm Oyuncusu) 2011
Farklı Desenler TV Dizisi 3. Sezon 2012 -2. Sezon 2011
Kurtlar Vadisi Pusu TV Dizisi 5. Sezon (Kendal) 2011
Kırık Kanatlar TV Dizisi 2005
Kurşun Yarası TV Dizisi 2003,